Full Metal Panic? Fumoffu erzählt die kleinen Zwischengeschichten der Handlung von Full Metal Panic!, die in der ersten Staffel keinen Platz hatten. Diese Zwischengeschichten haben recht wenig mit der eigentlichen Geschichte von Full Metal Panic! zu tun und zeigen wie Sagara Sousuke sich in der Welt außerhalb des Militärs zurechtfindet. Daher spielt Full Metal Panic? Fumoffu ausschließlich in Kanames Welt, wobei aber Sousukes Kollegen und Vorgesetzte ebenfalls einen Gastauftritt haben und Bonta-kun endlich vorgestellt wird…