In dem Leibwächter Siro (Daniel Bernhardt) und der Diebin Taja (Kristanna Loken) findet Kung Lao zwei Verbündete, während ihm Donnergott Rayden (Jeffrey Meek) mit Ratschlägen zur Seite steht. Doch das Böse will kein weiteres Turnier abwarten: Während Shao Kahn nichts unversucht lässt, Kung Lao noch vor dem nächsten Mortal Kombat zu beseitigen, sinnt Shang Tsung auf Rache für seine erlittene Niederlage und die daraus resultierende Verbannung. Der untote Krieger Scorpion, der Lin Kuei-Ninja Sub Zero und das Volk der Reptiles werden zu Werkzeugen des Bösen oder verfolgen ihre eigenen diabolischen Ziele. Magier Quan Chi ist dabei, seine Armee von untoten Kriegern zu erweitern, während Königin Kreeya versucht, Shao Kahn bei der Eroberung des Erdenreiches zuvorzukommen. Misstrauen, Täuschung, Verrat und Mord stehen an der Tagesordnung. Wird Shang Tsung seine Rache bekommen? Wird Shao Kahn am Ende triumphieren? Oder wird es Kung Lao gelingen, den Outworld-Herrscher erneut an der Eroberung des Erdenreiches und der damit verbundenen Ausweitung seines beinahe grenzenlosen Reiches zu hindern?