Der Armee-General William Stryker verfolgt den perfiden Plan, alle Mutanten der Erde zu vernichten. Ausgerechnet Professor Xavier leistet ihm hier unfreiwillige Hilfe. Die X-Men starten eine Mission zur Rettung des Professors und aller Mutanten. Zweiter Film des X-Men Franchise, wiederum unter der Regie von Bryan Singer.
Handlung
Nightcrawler, ein mit der Fähigkeit zur Teleportation ausgestatteter Mutant, dringt ins Weiße Haus ein und dort bis zum Präsidenten der USA vor, um ihn mit einem Messer anzugreifen. Kurz bevor er zustechen kann, wird er jedoch angeschossen und muss fliehen. Zurück bleibt das Messer, an dem ein Bändchen befestigt ist mit der Aufschrift “Mutant Freedom Now!” (engl. etwa „Freiheit für Mutanten, jetzt!“).
Magneto, einer der mächtigsten Mutanten, sitzt in einem Hochsicherheitsgefängnis aus Kunststoff, da er mit seinen Magnetkräften Metall manipulieren kann und somit aus einem normalen Gefängnis ausbrechen könnte. Professor Charles Xavier ist weiter damit beschäftigt, mit seiner „Schule für begabte junge Menschen“ das friedliche Zusammenleben zwischen Menschen und Mutanten zu fördern. Der Militär-Wissenschaftler William Stryker hat daran jedoch kein Interesse. Er arbeitet mit Hochdruck daran, sämtliche Mutanten zu vernichten. Ausgerechnet Professor Xavier will er für seine Pläne einspannen, denn er ist auf dessen telepathische Fähigkeiten angewiesen. Xavier hat inzwischen mit Hilfe von Cerebro, einer Art Maschine, die es ihm erlaubt, mit sämtlichen Mutanten der Welt in Verbindung zu treten, den Attentäter des Präsidenten lokalisiert und schickt Storm und Jean Grey los, um den unbekannten Mutanten zu ihm zu bringen. Als Storm und Jean den Nightcrawler finden, stellt er sich als harmlos heraus und erklärt, er habe unter fremdem Einfluss gestanden.
Stryker bekommt durch den Anschlag auf den Präsidenten die Handhabe, den Krieg gegen die Mutanten zu eröffnen. Er presst alle Informationen über die Schule und über Cerebro aus Magneto heraus. Als Xavier und sein Begleiter Cyclops Magneto besuchen, lässt Stryker beide überwältigen und festsetzen. Anschließend stürmt er mit einem Spezialkommando Xaviers Schule und versucht, alle Schüler gefangen zu nehmen, wobei ihm jedoch nur sechs der Kinder in die Hände fallen. Die übrigen Mutanten können sich mit Hilfe von Logan durch einen Geheimtunnel retten. Auch Rogue, ihr Freund Iceman und Pyro können entkommen. Als Logan auf Stryker trifft, scheint seine Erinnerung zurückzukehren, dann muss jedoch auch er fliehen.
Mystique, Magnetos letzte Gefährtin, betäubt einen Wachmann aus Magnetos Gefängnis und injiziert ihm verflüssigtes Eisen. Am nächsten Tag, der Wachmann kann sich an nichts erinnern, erkennt der Metalldetektor bei der Sicherheitskontrolle vor Magnetos Spezialzelle das im Blut enthaltene Eisen nicht. Magneto selbst jedoch kann es mit seinen geistigen Kräften spüren, als der Wachmann seine Zelle betritt. Er zieht das Eisen aus dem Körper des Wachmanns, was dieser nicht überlebt. Mit Hilfe des Metalls, das er nach Belieben verformen und so auch als Waffe verwenden kann, gelingt Magneto die Flucht.
Logan, Iceman, Rogue und Pyro haben in der Zwischenzeit das Haus von Icemans Eltern erreicht. Als diese erfahren, dass ihr Sohn nicht, wie angenommen, ein Internat für Hochbegabte besucht, sondern ein Mutant ist, sind sie entsetzt. Icemans jüngerer Bruder ruft heimlich die Polizei. Die vier Mutanten wollen fliehen, dabei wird Logan von einer Polizistin in den Kopf geschossen. Pyro, der Feuer nach Belieben manipulieren kann, greift die Polizisten und deren Einsatzfahrzeuge mit Feuerbällen an, bis Rogue ihn stoppt. Logan, der sich inzwischen durch seine Regenerationsfähigkeit wieder erholt hat, erwacht gerade, als Storm, Jean und Nightcrawler mit dem Jet landen. Auf ihrer Flucht werden sie von Kampfjets angegriffen und entkommen erst, als Storm durch ihre Fähigkeiten ein Unwetter mit Tornados heraufbeschwört. Als ihr Jet schließlich doch von einer Rakete getroffen wird, drohen sie abzustürzen und werden erst im letzten Moment durch Magnetos Kräfte gerettet.
Um den gemeinsamen Gegner Stryker zu bezwingen und Professor Xavier zu befreien, schließen sich die X-Men mit Magneto zusammen. Mit Professor Xaviers Jet erreichen sie Strykers unterirdische Militärbasis, die sich unter der Mauer eines Staudammes befindet. Mystique verwandelt sich in Logan, um die Wachen zu überlisten, und dringt durch den Überlaufschacht in das Bauwerk ein, wo sie von Strykers Wachen plangemäß festgenommen und in die Anlage gebracht wird. Dieser erkennt den Trick, doch Mystique kann sich befreien und in der Schaltzentrale einschließen, von wo sie den Weg für die übrigen Mutanten öffnet. Während diese die Wachen überwältigen und sich auf die Suche nach Professor Xavier machen, untersucht Logan die Basis auf eigene Faust. Beim Anblick der Mauern und Gänge kommt bruchstückhaft seine Erinnerung zurück. Es geschah eben in dieser Militärbasis, dass er als Opfer eines von Strykers früheren Experimenten seine Klauen aus Adamantium erhielt. Diese menschenverachtenden Experimente hatte er damals nur dank seiner einzigartigen Regenerationsgabe überleben und schließlich fliehen können. Er will Stryker, der auftaucht und sich ihm offenbart, angreifen, muss sich aber gegen eine weitere von Stryker „gezüchtete“ Mutantin (Lady Deathstrike) verteidigen, die über die selben Fähigkeiten wie er verfügt. Stryker kann sich absetzen, und Logan schafft es schließlich, seine Gegnerin auszuschalten, indem er ihr flüssiges Adamantium in den Körper spritzt.
Die übrigen Mutanten suchen zwischenzeitlich in getrennten Gruppen. Jean, Magneto und Mystique treffen auf den von Stryker unter Drogen gesetzten Cyclops, der sofort angreift. Jean kann ihn zurückdrängen, dabei entstehen Brüche im Stahlbeton des Staudammes, und er droht auseinanderzubrechen. Cyclops kommt wieder zu Bewusstsein, und gemeinsam mit Jean setzt er die Suche nach Xavier und den verschleppten Kindern fort. Diese sind inzwischen durch die anderen Mutanten gefunden worden.
Wie sich inzwischen herausstellt, ist Strykers Sohn Jason ebenfalls ein Mutant. Er war früher Schüler in Xaviers Schule, wo sich seine Fähigkeit des Illusionisten voll herausgebildet hatten. Bei einem Aufenthalt zuhause hatte er seine Mutter dadurch in den Selbstmord getrieben. Nun soll er, vom rachsüchtigen Stryker durch eine seiner Drogen gefügig gemacht, die Kontrolle über Xavier übernehmen. Dieser soll mit Hilfe von Cerebro, von Stryker in einem der Gewölbe nachgebaut, Verbindung zu sämtlichen Mutanten der Erde aufnehmen und sie alle mit seinen Geisteskräften auf einen Schlag vernichten. Xavier, ganz unter dem Einfluss von Jason, beginnt, die Maschine in Betrieb zu nehmen. Stryker erteilt ihm seine letzten Anweisungen, dann setzt er sich aufgrund der drohenden Zerstörung des Staudamms und damit auch der unterirdischen Anlage ab.
Magneto und Mystique finden den Zugang zu Cerebro, schalten die Wachen aus und dringen in das Innere der gewölbeähnlichen Maschine ein, wo der Mutant Jason immer noch Professor Xavier beeinflusst hält. Magneto, der Mutanten als evolutionär höher stehend erachtet, möchte alle nicht mutierten („normalen“) Menschen ausrotten und sieht nun die Chance gekommen, die Situation zu seinen Gunsten auszunutzen. Die in Stryker verwandelte Mystique erteilt Jason Magnetos neue Befehle: Xavier soll alle „normalen“ Menschen lokalisieren und ausschalten. Dann treten Magneto und Mystique ebenfalls die Flucht nach draußen an.
Schließlich finden auch die X-Men den Zugang zu Cerebro. Nightcrawler teleportiert sich und Storm hinein. Sie können den Einfluss von Jason zunächst nicht brechen, deshalb lässt Storm die Temperatur stark herabsinken, so lange bis Xavier die Herrschaft über sich selbst zurück erhält. Kurz bevor das Gewölbe in sich zusammen stürzt, kann Nightcrawler Storm und Xavier in Sicherheit teleportieren.
Doch nun beginnt die gesamte Basis einzustürzen. Mit knapper Not an die Erdoberfläche unterhalb der Staumauer entkommen, erkennen die Mutanten, dass die Talsperre demnächst brechen und das ganze Gebiet überflutet wird. Rogue, eigentlich noch unerfahren im Umgang mit Xaviers Jet, schafft es, ihn bei der Gruppe zu landen. Dabei wird er jedoch beschädigt und lässt sich nicht mehr starten. Der Staudamm bricht an einigen Stellen, und die Wassermassen schießen ins Tal. Jean verlässt unbemerkt den Jet und schafft es, mit ihren telekinetischen Kräften die Flutwelle aufzuhalten und gleichzeitig den Jet außer Gefahr zu bringen, dann wird sie von den tosenden Wassermassen verschluckt. Stryker, der auf seiner Flucht von Magneto aufgegriffen und gefesselt zurückgelassen wurde, erleidet dasselbe Schicksal, während Magneto und Mystique zusammen mit Pyro, der sich ihnen angeschlossen hat, in Strykers Hubschrauber davon fliegen.
Zum Schluss sieht man, dass Professor Xaviers Schule wieder geöffnet und der „normale“ Schulalltag wieder eingekehrt ist. Cyclops und Logan trauern um Jean Grey, für die sie beide starke Gefühle gehegt hatten.
Kritik
Roger Ebert bezeichnet den Film in der Chicago Sun-Times als „dumm, aber gut“.
Joe Baltake schreibt in der Sacramento Bee, dass die Qualität von X-Men 2 darin liege, dass es dem Film leicht gelingt, den Zuschauer in eine fremde Welt einzuführen.
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