Unsere Geschichte spielt in einem kleinen abgeschiedenen Ort namens Hinamizawa, im Jahre 1983. Der Hauptcharakter, Keiichi Maebara, ist vor kurzem zusammen mit seiner Familie hierher gezogen um dem Trubel der Großstadt zu entkommen.

Anfangs noch fremd in dieser für ihn neuen Umgebung, weitab von allen Annehmlichkeiten des modernen Großstadtlebens, freundet er sich schnell mit einigen Leuten aus der lokalen Schule an, welche ihm helfen sich schnell einzuleben. Von da an lebt er jeden Tag zufrieden vor sich hin und verbringt viel Zeit mit seinen neuen Freunden.

Doch eines Tages lernt er um ein dunkles Geheimnis welches der Ort in sich birgt. Ein Mord der vor fünf Jahren stattfand wirft auch heute noch seinen Schatten und jedes Jahr zur gleichen Zeit, am Tage des lokalen Watanagashi Festes, geschieht ein weiterer Mord, welcher praktisch eine Wiederholung des ersten ist. Nach und nach fängt Keiichi an Nachforschungen über dieses Verbrechen anzustellen und kommt dabei hinter Geheimnisse, von denen er sich wünscht sie nie erfahren zu haben.